항생제 내성은 전 세계적으로 공중 보건에 심각한 위협을 가하며, 원헬스 관점의 개입이 요구됩니다. 주요 과제는 특정 환경의 항생제 내성 유전자 집합, 즉 내성체를 결정하는 것입니다. 내성체의 감시와 모니터링은 저항 메커니즘의 발생과 전파를 추적하는데 필수적입니다. 본 연구에서는 이유 후 설사 치료를 받은 자돈의 샷건 메타게노믹스 및 메타전사체 시퀀싱 데이터를 이용하여 이유 전후 돼지 장내 미생물군의 항생제 내성 유전자 카탈로그를 생성하였습니다. 이 카탈로그는 총 102개의 유전자로 구성되며, 대부분의 항생제 클래스를 대표하며, 마이크로플루이딕 Biomark™ X9 시스템에 구현되어 자돈의 대변 샘플에서 추출한 총 DNA 및 RNA를 사용하여 검증되었습니다. 또한, 이 플랫폼은 메타게노믹 및 메타전사체 시퀀싱의 내성체 정량화 데이터와 강하고 통계적으로 유의한 상관관계를 입증하여 검증되었습니다. 전체적으로 여기서 구현한 마이크로플루이딕 qPCR 플랫폼은 낮은 풍부도의 표적 검출을 강화하였고, 샷건 시퀀싱의 확률적 검출 임계값 아래에 머물렀던 유전자와 전사체를 성공적으로 식별했습니다. 이 접근 방식은 농장에서의 항생제 사용 감소를 지원하는 중요한 도구를 제공하며, 항생제 내성의 고처리량 모니터링과 감시를 가능하게 합니다.