돼지 써코바이러스 2형 (PCV2)와 3형 (PCV3)은 번식 장애, 잠재 감염 및 돼지에서의 다인성 질병 복합체와 관련된 전 세계적으로 분포된 병원체입니다. 이들의 중국 내 역학적 및 진화적 패턴을 밝히기 위해, 우리는 2022년부터 2025년까지 28개의 성 단위 지역에서 수집된 8426개의 임상 샘플을 조사하였습니다. PCV2는 생산 단계 및 임상 범주에서 PCV3보다 상당히 높은 유병률을 보였으며, 가을에 뚜렷한 계절적 최고치를 나타냈습니다. PCV2는 조직 샘플에서 가장 자주 검출되었고, 체계적 소모 및 내장 질환 사례에서 높은 바이러스 부하를 보였으나, PCV3는 낮은 바이러스 부하를 가지며 주로 스왑, 정액 및 우유에서 확인되었습니다. 유전적 분석을 위해 총 181개의 PCV2 및 106개의 PCV3 ORF2 서열이 획득되었습니다. PCV2d는 전국적으로 압도적인 우세 유전형으로 확인되었으며, PCV3c는 PCV3 계열의 순환 내에서 공존하는 PCV3a 및 PCV3b 클러스터와 함께 우세하였습니다. 선택 압력 분석은 두 바이러스 모두 정화 선택에 의해 주로 형성되었음을 나타냈지만, PCV2는 Cap 단백질의 표면 노출 영역에 더 많은 양성 선택 부위가 존재하였습니다. 계통역학적 추론은 PCV2의 유효 인구 크기가 장기적으로 안정적임을 밝혀낸 반면, PCV3는 최근의 확장 후에 안정화되었습니다. 공간 계통지리학적 재구성은 PCV2의 확산 패턴이 중앙 집중식으로 이루어졌으며, 허베이가 주요 전파 중심지로 작용했음을 보여주었고, 이는 다중 중심으로 구성되고 지형적으로 혼합되어 있는 PCV3의 확산과 대조적입니다. 종합적으로, 이러한 발견은 PCV2가 중국 돼지 사육 군의 주요 병원성 부담으로 남아 있음을 나타냅니다. 반면, 여러 출처로부터의 보다 분산된 PCV3의 확산은 특히 번식 개체에서 지속적인 분자 감시를 요구합니다.