지속 가능한 돼지 생산은 모돈의 번식 효율 극대화에 달려 있지만, 건강한 새끼 수와 약한 자돈 출산율을 결정하는 메커니즘은 여전히 불명확합니다. 본 연구는 중간 성능을 기준으로 모돈을 높은 건강한 새끼(그룹 H)와 낮은 건강한 새끼(그룹 L)로 분류했습니다. 멀티오믹스 분석(16S rRNA 시퀀싱, 메타게놈 분석, 혈청 대사체학)은 그룹 간의 명확한 대변 미생물 군집과 대사 프로파일의 차이를 드러냈습니다. 결과에 따르면 그룹 L과 H 간에 미생물 군집 조성의 상당한 차이가 있었습니다. 그룹 H는 박테로이데테스(특히 Prevotella sp. CAG1092)의 풍부함이 현저히 증가하고, Firmicutes의 인구가 감소하는 패턴을 보였습니다. 대사체 분석을 통해 197개의 차별적으로 풍부한 대사체가 확인되었으며, 그 중 85개는 그룹 H에서 크게 풍부했습니다. 교토 유전자 및 게놈 백과사전(KEGG) 경로 강화 분석은 차별적으로 풍부한 대사체가 주로 아미노산 합성 및 대사에 관여하고, 다중 아미노산 대사 경로가 폴리아민 합성과 관련이 있음을 나타냈습니다. 상관 결과는 이러한 대사체와 새끼 수 및 새끼 무게 사이에 유의한 상관관계(P < 0.05)가 있음을 보여주었습니다. 예를 들어, Prevotellaceae NK3B31의 풍부함은 L-알라닌, 요소, 세크리닌과 긍정적인 상관관계를 보였고, Prevotella sp. CAG1092는 번식 성능과 직접적인 연관성을 나타냈습니다. 이러한 발견은 장내 미생물 불균형이 아미노산 항상성과 폴리아민 조절을 방해할 수 있으며, 이는 번식 효율과 메커니즘적으로 연관될 수 있음을 시사합니다. 번식 성능은 임신한 모돈의 장내 미생물과 전신 대사를 동적으로 형성하며, 새끼 수는 대변 대사체 다양성과 미생물 구조에 영향을 미칩니다. 이 통합 분석은 모돈 생산성 및 돼지 사육의 경제적 타당성을 향상시키기 위한 프레임워크를 마련합니다.