가축 분뇨는 항생제 내성 유전자(ARGs)의 주요 발생지입니다. 그러나 ARGs를 줄이는 데 있어 혐기성 소화(AD)의 효과와 메커니즘, 그리고 바이러스 군집의 생태적 역할과 위험에 대해서는 잘 알려져 있지 않습니다. 이 연구는 AD가 ARG의 총량과 다양성을 상당히 줄이며, 금속-유기 골격체(MOFs)의 추가로 인해 고위험 및 임상적으로 중요한 ARG의 감소가 추가로 개선됨을 보여줍니다. ARG 수치의 감소는 주로 핵심 ARG에 의해 주도되었으며, 다양성 감소는 희귀 ARG의 고갈에 주로 기인했습니다. ARG는 병원성 숙주 종과 광범위한 숙주 분포를 가지고 있습니다. 바이러스 군집은 높은 다양성과 참신성을 보이며, Drexlerviridae 계통이 주요 바이로믹으로 나타났습니다. 바이러스는 강한 숙주 특성을 보이며, Actinobacteria(47.4%)와 Atribacterota(12.7%)가 주요 숙주입니다. ANT(6)-Ia와 lsa(B)를 지니고 있는 바이러스 구성체는 8개에 불과하여, ARG의 수평 전이에 대한 바이러스의 기여가 제한적임을 나타냅니다. 바이러스는 다양한 고유 대사 보조 유전자(AMGs)를 도입하여 숙주의 대사 능력을 향상시킵니다. AD 과정은 주로 바이러스의 다양성, 생활 방식 및 AMG 운반에 영향을 줍니다. 메커니즘적으로, AD는 ARG와 플라스미드의 동시 발생 빈도를 줄이고, ARG를 포함한 숙주의 풍부성을 감소시켜 ARG를 줄입니다. 이러한 발견은 ARG 확산을 제어하기 위한 AD 과정 최적화에 대한 새로운 통찰력을 제공합니다.