항생제 사용 제한으로 인해 장내 마이크로바이옴과 숙주 건강의 관계, 특히 장내 감염에 대한 관심이 증가하고 있습니다. 본 현장 연구는 지방성 돼지 적리(SD) 감염이 있는 두 개 농가에서 수행되었으며, 13마리의 질병이 있는 돼지와 13마리의 질병이 없는 돼지에서 수집된 총 102개의 대변 샘플의 장내 미생물을 주사위 메타게놈 시퀀싱을 통해 특성화하였습니다. 네 번의 샘플링 동안 수집한 샘플을 통해 임상 질병 전후의 동물 모니터링이 가능했으며, 장내 미생물이 질병 결과에 미치는 역할, 감염이 미생물 구성에 미치는 영향을 평가하고 회복 후의 미생물 진화를 조사하였습니다. 질병 전 수집한 샘플에서는 SD에 취약한 돼지가 덜 다양한 미생물 다양성을 보였고, Treponema rectale, Prevotella spp. 또는 Ruminiclostridium E의 유의미한 낮은 풍부도를 보여 건강을 유지하는 SD 저항성 돼지와 비교되었습니다. 임상 질병 기간 동안 미생물 종 구성과 그 기능적 프로필의 현저한 변화가 명백했습니다. Brachyspira hyodysenteriae, Dysosmobacter sp. BX15, Acetivibrio ethanolgignens, Mucispirillum sp. 910586745가 유의미하게 풍부되었습니다. 이는 Bacteroides 캡슐 다당류 전사 안티터미네이션 단백질이나 테린 카비놀아민 탈수화효소와 같은 기능이 증가한 것과 관련이 있었습니다. 치료 후 질병이 있는 돼지와 없는 돼지를 비교했을 때 미생물 변화는 관찰되지 않아 치료 및 회복 후 미생물 구성의 복원을 보여주었습니다. 본 연구는 미생물이 SD 질병 결과에 중요한 역할을 할 수 있음을 시사하며, 임상 질병 중 발생한 변화가 치료 후 시간이 지남에 따라 지속되지 않음을 입증합니다.