호흡기 감염은 돼지의 건강과 경제적 생산성에 큰 영향을 미친다. 그럼에도 불구하고 하부 호흡기 계통(LRT) 미생물군에 대한 자세한 통찰은 현재 부족하다. 주로 호흡기 샘플 처리의 어려움 때문이다. 이 연구에서는 호흡기 증상을 보이는 3-5개월된 비육돈의 LRT 미생물군을 바이러스 및 세균 성분 모두에 대해 이전에 검증된 메타유전체 진단법과 풀렝스 16S rRNA 유전자 시퀀싱 접근법을 사용하여 특성화하였다. 메타유전체 샷건 시퀀싱을 사용해 기능적 특성을 분석하여 특정 독성 요인의 존재를 확인하였다. 돼지 번식 및 호흡기 증후군 바이러스(PRRSV)와 돼지 인플루엔자 A 바이러스(swIAV)는 각각 30% 및 23%의 샘플에서 가장 많이 검출된 바이러스였다. 메소마이코플라스마 하이오뉴모니에, 글라이세렐라 파라수이스, 파스튜렐라 멀토시다 등은 양 시퀀싱 접근법에서 가장 풍부한 세균 분류군이었으며, 다른 검출된 세균 분류군은 주로 스트렙토코쿠스, 클로스트리디움, 로치아 종으로 구성되었다. 검출된 독성 요인은 주로 메소마이코플라스마와 파스튜렐라 소속의 접착 요인으로 p102, p97, p146, mhp108, mhp107와 메소마이코플라스마의 혈소판 용해 유전자 hlyA, 그리고 파스튜렐라의 부착 유전자 ptfA 및 내독소 관련 유전자 lpxC로 구성되었다. 우리의 데이터는 호흡기 증상을 보이는 돼지의 하부 호흡기 계통 미생물군이 주요 바이러스(PRRSV, swIAV) 및 세균 병원체(M. hyopneumoniae, G. parasuis, P. multocida)를 포함하며, 특정 질병에 기여할 수 있는 독성 요인을 포함하고 있음을 보여준다. 이 연구 결과는 돼지 호흡기 계통 미생물군 구성을 이해하는 새로운 관점을 열어 질병 및 기능적 특성과의 상관관계를 제시하며, 수송 및 인체 의학에서의 호흡기 질병 진단 정확도 및 치료 전략을 향상시키기 위한 미래 연구의 길을 닦아준다.