배경: 최근 시퀀싱 기술의 발전과 관련 생물정보학 도구들은 위장관(GIT)과 관련된 미생물 군집의 변동성에 영향을 미치는 요인들의 분석을 용이하게 했습니다. 비록 대변 미생물에 대한 광범위한 연구가 이루어졌지만, 소장은 미생물 군집, 식단, 그리고 숙주 건강 간의 상호작용을 이해하는 데 있어 덜 탐구된 중요한 장소입니다. 연구 1에서는 비침습적 샘플링 캡슐인 CapSa를 이용해 다섯 가지 서로 다른 시점에서 미생물을 수집했습니다. 본 연구의 목적은 돼지의 성장 종료기 동안 소장 미생물 군집의 변화들을 앰플리콘 시퀀싱을 통해 조사하는 것이었습니다. 연구 2에서는 이유 후 설사(PWD)를 일으키는 병원성 대장균(ETEC) F4 감염이 소장 미생물 군집 역학에 미치는 장기적 영향을 조사했습니다. 이 연구는 단기 병리적 도전에 대한 미생물 군집의 장기 반응에 대한 통찰을 제공합니다.