중국의 지역 돼지 품종의 체격에 영향을 미치는 핵심 유전자를 연구하기 위해 총 8개의 품종에서 129마리의 돼지로부터의 전장유전체 SNP 칩 데이터를 분석하였다. 이 중 네 개는 큰 체격의 품종(MZ, HT, ST, RC)이며, 다른 네 개는 작은 체격의 품종(XI, BX, WZ, DN)이다. 주성분분석(PCA)을 사용하여 여덟 품종의 유전적 군집화를 평가했다. Fst 및 XP-CLR을 사용하여 큰 체격과 작은 체격의 품종 그룹 간의 선택 신호를 탐지했다. PCA 결과는 작은 품종의 명확한 군집화와 큰 품종의 분산 분포를 나타냈다. Fst 및 XP-CLR은 중요한 유전적 위치의 상하 500 kb 내에 142개의 겹치는 영역을 식별했다. 이 영역에는 520개 주석이 달린 유전자가 포함되어 있으며, 이는 34개의 생물학적 경로에 풍부하게 분포한다. 유전자 네트워크 분석은 9개의 핵심 유전자를 강조했으며, 그 중 5개(NPR3, TNFSF11, TBC1D7, FGF2, IGF1R)는 동물의 골격 성장 및 체격 특성과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 추가적으로 4개의 새로운 후보 유전자(IKBKB, SFRP1, LRP6, SPRY1)가 돼지의 체격과 관련이 있을 수 있음을 확인했다. 우리의 발견은 돼지 체격 특성의 유전적 메커니즘을 더욱 밝히기 위한 이론적 근거를 제공한다.
Key Points
- 주성분분석 결과는 작은 체격의 품종이 명확한 군집을 이루고 있으며, 큰 체격의 품종은 분산된 분포를 나타냈다.
- Fst 및 XP-CLR 분석을 통해 중요한 유전적 위치의 상하 500 kb 내에 520개의 유전자가 포함된 142개의 중첩 영역이 발견되었다.
- 유전자 네트워크 분석에서는 9개의 중요 유전자가 확인되었으며, 그 중 5개는 골격 성장 및 체격 특성과 관련된 것으로 알려져 있고, 4개의 새로운 후보 유전자는 돼지의 체격과 관련이 있을 가능성이 있다.