성장, 지방량 및 생식 특성은 상업적 돼지 생산의 효율성과 장기 지속 가능성에 크게 영향을 미치는 주요 경제적 특성입니다. 전장 유전체 연관 연구(GWAS)는 주요 특성과 관련된 유전적 변이를 식별하는 효과적인 방법으로 입증되었으나, GWAS로 식별된 유의한 자리표지(SNPC)는 반드시 진정한 원인 유전자에 해당하지 않을 수 있습니다. 이를 해결하기 위해 본 연구에서는 세 개의 집단에서 4,560마리의 돼지를 대상으로 여섯 가지 특성 - 오른쪽 젖꼭지 수(RTN), 왼쪽 젖꼭지 수(LTN), 체장(BL), 체고(BH), 체중(BW) 및 등지방 두께(BFT) - 에 대해 GWAS를 수행했습니다. 우리는 세 가지 GWAS 후 분석을 포함시켰는데, 이는 발현 양적 형질좌위 매핑, 베이지안 공위치 분석 및 멘델 무작위화로, 후보 원인 유전자를 우선순위로 매겼습니다. 적어도 두 가지 독립적인 증거 라인이 뒷받침하는 유전자는 고확도 원인 후보로 우선 선택되었습니다. GWAS는 젖꼭지 수에 대해 Sus scrofa 염색체 7 (SSC7)에서 새로운 머리 자리표지(SNP)를 하나, 및 SSC1과 SSC18에서 BFT에 대한 두 개의 새로운 머리 SNP를 식별했습니다. LTN과 RTN에 대해서 각각 16개와 23개의 잠재적 원인 유전자가 확인되었습니다. 이 가운데, 네 개의 유전자는 (ABCD4, ALDH6A1, ENTPD5, ISCA2) 두 특성 모두에 대해 네 가지 증거 라인에 의해 뒷받침되었습니다. BL에 대해, 10개의 후보 유전자 중 4개 (ABCD4, PTGR2, ENTPD5, FAM161B)가 완벽히 뒷받침되었습니다. BFT에 대해, 23개 유전자 중 2개 (EXOSC2 및 USP20)가 완벽히 뒷받침되었습니다. BW에 대해서, 여섯 개의 유전자 중 ASS1이 가장 높은 순위를 차지했으며 세 가지 증거 라인에 의해 뒷받침되었습니다. BH에 대해서는 PTK6과 STMN3을 포함한 12개의 유전자가 두 가지 증거 라인에 의해 뒷받침되었습니다. 요약하면, GWAS와 여러 GWAS 후 분석을 통합함으로써 연관 신호를 정제하고 추측 원인 유전자를 우선순위로 두는 강력한 체계적인 전략을 제공했습니다. 식별된 신규 자리 및 후보 유전자는 돼지 산업의 성장 성능 및 생식 특성의 유전적 기초에 대한 통찰력과 마커 보조 선택을 위한 유전적 자원을 확장합니다.
Key Points
- GWAS는 돼지 성장 및 생식 특성과 관련된 유전적 변이를 식별하는 데 효과적이며, 연구는 여러 후속 분석을 통해 원인 유전자를 우선순위로 두는 데 집중했습니다.
- 16개와 23개의 잠재적 원인 유전자가 젖꼭지 수 특성에 대해 확인되었고, 일부 유전자는 완벽한 증거 지원을 받았습니다.
- 새로운 자리와 후보 유전자의 식별은 돼지 산업의 마커 보조 선택에 기여할 수 있으며, 성장 및 생식 특성의 유전적 이해를 심화합니다.