돼지 도체의 등지방 두께(BFT)는 지방 축적 및 도체의 살코기 비율을 나타내는 중요한 지표로, 도체 등급 및 가격 결정에 필수적입니다. 통합 멀티오믹스 방법을 사용해 BFT와 관련된 유전적 위치와 중요한 유전자를 식별하는 것은 돼지의 유전적 발전에 크게 기여합니다. 본 연구에서는 418마리의 중국 수화이 돼지를 도살하고, 도체의 등지방 두께를 측정했습니다. 우리는 SNP 칩 데이터와 전체 유전체 시퀀싱 데이터를 사용한 전유전체 연관 연구(GWAS)를 실시했습니다. 도체 BFT와 관련된 중요한 양적 형질 장소(QTL)는 Sus scrofa 염색체(SSC) 2, SSC4 및 SSC14에서 식별되었으며, 가장 중요한 단일 염기 다형성(SNP)은 표현형 변이의 6.58%-9.91 %를 설명했습니다. 베이지안 세밀 매핑을 통해 이전에 보고된 두 개의 양적 형질 장소(QTL)가 검증되었으며, 가장 정밀한 신뢰 구간을 3 kb(SSC2, 37.337-37.340 Mb 및 SSC4, 75.407-77.006 Mb)로 좁혔으며, 등지방 두께와 관련된 두 개의 새로운 QTL(SSC14, 137.086-138.863 Mb 및 SSC4, 95.237-96.894 Mb)을 식별했습니다. 게다가, 전사체 분석을 통해 지방 및 에너지 대사와 관련된 322개의 차등 발현 유전자(DEGs)와 여러 중요한 조절 경로가 확인되었습니다. 유전체 및 전사체 데이터의 통합을 통해 S100A12, XKR4 및 PENK라는 세 가지 중요한 후보 유전자가 식별되었으며, 이는 일반적으로 등지방 두께와 관련이 있습니다. 전사체 전반 연관 연구(TWAS) 및 표현체 전반 연관 연구(PheWAS)는 이 세 유전자가 등지방 두께 및 지방산 조성과 유의미하게 연관되어 있음을 추가로 입증했습니다. 이 연구는 돼지의 도체 등지방 두께와 관련된 중요한 유전자 및 분자 마커에 대한 새로운 통찰을 제공합니다.
Key Points
- 418마리의 중국 수화이 돼지를 대상으로 한 연구에서, 양적 형질장소(QTL)와 단일 염기 다형성(SNP)을 식별하여 도체 등지방 두께(BFT)와의 연관성을 연구했습니다.
- 유전체 및 전사체 데이터를 통합하여, 지방 및 에너지 대사와 관련된 322개의 차등 발현 유전자를 확인했습니다.
- 세 가지 주요 후보 유전자(S100A12, XKR4, PENK)가 도체 등지방 두께와 지방산 조성과 밀접한 관련이 있는 것으로 나타났습니다.