돼지 번식 및 호흡기 증후군 바이러스(PRRSV)는 양돈 산업에 중대한 위협이 됩니다. 현재 상업용 백신은 안전성 및 효과가 충분하지 않으며, 효과적인 PRRSV 치료제가 필요함을 강조합니다. PRRSV의 3C유사 프로테아제(3CLpro)는 바이러스 단백질 처리에서 필수적인 역할을 하여 항바이러스 약물 개발에 유망한 표적입니다. 그러나 PRRSV 3CLpro-기질 복합체의 결정된 구조가 없기 때문에 잠재적 억제제를 스크리닝하는 데 지장을 주고 있습니다. 이 연구에서는 1,049,397개의 소분자로 구성된 화합물 라이브러리에서 PRRSV 3CLpro를 표적으로 하는 항바이러스제를 식별하는 것을 목표로 하였습니다. 가상 스크리닝을 통해 도킹 점수와 단백질-리간드 상호작용을 기반으로 14개의 후보를 선정하였습니다. 이후 분자 동역학 시뮬레이션 및 분자역학-포아송-볼츠만 표면적 방법을 통한 결합 자유 에너지 계산을 통해 다섯 가지 잠재적인 주요 화합물을 식별하였습니다. 이 중 CL01790761은 효소 억제 및 항바이러스 분석에서 PRRSV 3CLpro 효소 활성과 바이러스 증식을 가장 효과적으로 억제하였습니다. 우리의 연구는 PRRSV에 대한 새로운 항바이러스 후보를 제시하며, 3CLpro 억제제의 인실리코 발견에 대한 귀중한 통찰력을 제공합니다.