부모 유래 효과는 유전자 발현과 이에 대응하는 표현형이 부계 또는 모계에 의해 영향받는 현상을 나타내며, 이러한 규제 메커니즘을 밝히는 것은 여전히 어려운 과제입니다. 이를 해결하기 위해 우리는 이종 돼지 품종을 교배하여 충분한 이형접합 좌위를 생성하고, 등지방과 린지를 다중 오믹스 시퀀싱을 위해 수집하는 세 세트의 삼자 가족(trio families)을 설계했습니다. 긴 읽기 시퀀싱 기술을 활용하여 시퀀싱 리드의 부모 단계를 효율적으로 결정했습니다. 우리는 혼합돼지에서 단계화된 다중 오믹스 리소스를 생성하여 10,516개의 단계 특이 유전자 발현, 104,708개의 메틸화 영역, 132,602개의 히스톤 변형, 25,667개의 CTCF 결합 부위, 인 실로 Hi-C 기반으로 7884개의 위상적으로 연관된 도메인 경계와 8573개의 크로마틴 루프를 식별했습니다. 우리의 결과는 유전자 발현 차이의 약 83%가 DNA 메틸화에 의해 조절되지만, 부분적으로는 다른 후성적 변형에 의해 영향을 받는다는 것을 보여줍니다. 이 연구는 H19-IGF2와 SGCE-PEG10의 복잡한 각인 조절 모델을 강조할 뿐만 아니라 혼합 자손에서 유리한 형질의 상속에 대한 통찰력을 제공합니다.