요부 근육 면적(LMA)은 돼지에서 중요한 생산 형질로, 지방 없는 고기 비율과 높은 상관 관계가 있습니다. 그러나 LMA의 유전적 구조는 아직 완전히 규명되지 않았습니다. 본 연구는 새로 발견된 QTL과 LMA 형질과 관련된 후보 유전자를 확인하기 위해 전장 연관 분석(GWAS) 및 메타 분석을 두록(Duroc, n = 337), 랜드레이스(Landrace, n = 662), 요크셔(Yorkshire, n = 3,176) 돼지에서 수행했습니다. 두록, 랜드레이스 및 요크셔 집단에서 각각 108, 34, 232개의 유의미한 변이가 확인되었습니다. 메타 분석에서는 전체 게놈에서 유의미한 143개의 SNP와 276개의 제안된 SNP가 밝혀졌으며, 이 중 213개는 단일 집단 GWAS에서는 확인되지 않았습니다. 특히, 229개와 413개의 SNP가 요크셔 집단과 메타 분석에서 각각 SSC16에 위치했습니다. 2-LOD 드롭오프 구간을 기반으로 요크셔 집단의 SSC16 QTL은 679.835 kb 구간(32.818 Mb부터 33.498 Mb까지)으로 더 세밀하게 좁혀졌습니다. 이 QTL 내에서 가장 유의미한 변이인 16_33228254 (P = 4.45 × 10-9)는 1.11%의 표현형 변이를 설명하며, LMA에 대한 잠재적 새로운 좌위를 나타냅니다. 추가적인 생정보학 분석을 통해 근아세포 융합과 성장 인자 수용체의 신호 경로의 양성 조절과 같은 생물학적 과정과 관련된 7개의 유망한 후보 유전자(NDUFS4, ARL15, FST, ADAM12, DAB2, PLPP1, SGMS2)를 결정했습니다. 이 중 ARL15는 이전의 LMA 연구에서 보고된 바 있으나, 나머지 6개의 유전자는 새로운 후보 유전자로 나타났습니다. 이러한 발견은 LMA와 관련된 잠재적인 기능성 유전자와 경로를 밝히며, 돼지의 유전적 개선에 대한 귀중한 통찰을 제공합니다.
Key Points
- 요부 근육 면적에 대한 유전적 이해를 높이기 위해 돼지 품종(두록, 랜드레이스, 요크셔)에 대한 GWAS와 메타 분석이 사용되었습니다.
- 이번 연구는 요크셔 품종의 SSC16에 새로운 QTL을 발견했으며, 이는 679.835 kb 구간으로 세밀히 좁혀졌습니다.
- 7개의 후보 유전자가 밝혀졌으며, 그 중 ARL15는 기존 연구에서 보고된 바 있고 나머지는 새로운 발견으로, 미래의 유전적 향상에 대한 정보를 제공합니다.