전염성 위장염 바이러스(TGEV) 감염은 주로 소장, 특히 공장과 회장을 표적으로 삼아 자돈에게 설사를 유발합니다. 그러나 TGEV 감염 동안 장내 미생물군과 대사체의 동적 변화는 명확히 밝혀지지 않았습니다. 본 연구는 초기 TGEV 감염 중 이유 돼지에서 이러한 변화와 장 손상과의 관련성을 조사했습니다. 4주 된 돼지 30마리를 TGEV 접종군과 대조군으로 무작위 배치했습니다. 접종 후 3, 5, 7일에 장 조직과 대변 샘플이 수집되었습니다. 전체 길이의 16S rRNA 시퀀싱과 초고성능 액체 크로마토그래피-탠덤 질량분석기(UHPLC-MS/MS)가 미생물군 구성과 비표적 대사물을 분석하는 데 사용되었습니다. TGEV 감염은 세포 돌기 높이 대 간층 깊이(VH:CD) 비율을 감소시키고(P < 0.01) 미생물 다양성(P = 0.0091, 공장에서)과 구성(P = 0.001)을 현저하게 변화시켰습니다. 특히, 감염된 돼지는 Lactobacillus와 Limosilactobacillus 종의 풍부함이 증가했습니다. VH:CD 비율은 공장과 회장의 전체 분류학적 구성(r = 0.4, P < 0.001)과 상관관계를 보였고, 공장 내 산소성 화학독성 및 키틴 분해와 같은 미생물 기능과 긍정적으로 연관되었습니다. 대변 대사체학은 각각 공장과 회장에서 1,815개와 892개의 차등 발현 대사체를 밝혀냈으며, 이는 아미노산, 지방산 및 에너지 대사의 중간체를 포함합니다. 통합 분석은 Lactobacillus amylovorus DSM20531이 리놀레산, L-티로신, 구연산과 긍정적 상관관계를 보였고 Lactococcus lactis는 이소구연산과 글루타민과 부정적인 상관관계를 보였음을 드러냈습니다. 본 연구는 TGEV의 병태생리에 대한 이해를 높이고 향후 진단 및 예방 전략을 위한 잠재적인 미생물 및 대사적 생표지자를 제공합니다.