돼지 생식기 및 호흡기 증후군(PRRS)은 상당한 경제적 손실을 초래하며, 양돈 산업에 있어 큰 도전 과제입니다. PRRS 바이러스(PRRSV)는 높은 돌연변이율과 진화율을 가지고 있습니다. 우리는 동일 샘플에서 야생형(WT) PRRSV(계통 1A RFLP 1-7-4)와 변형 생백신(MLV) 바이러스(계통 5 RFLP 2-5-2)의 다양한 농도가 ORF5 Sanger 염기서열 결과에 미치는 영향을 연구하였습니다. 백신 유사 염기서열은 MLV 바이러스가 WT 바이러스보다 동등하거나 높은 농도로 존재할 때 더 자주 검출되었습니다. 이 결과는 ORF5 Sanger 염기서열 분석이 둘 이상의 바이러스가 존재하는 샘플에서 우세한 바이러스를 우선적으로 검출할 수 있으며, 백신 접종을 받은 사육군에서 WT 바이러스 감염을 가릴 수 있음을 시사합니다. 우리의 결과는 바이러스주 공존의 한계를 강조하지만, Sanger 염기서열 분석은 여전히 PRRSV를 특성화하는 데 널리 사용되는 접근 가능한 도구입니다. NGS 또는 CLAMP 기반 접근법과 같은 고급 염기서열 기술은 Sanger 염기서열 결과를 보완할 수 있으며, 합의 염기서열 편향을 최소화하고 백신 유사 염기서열을 선택적으로 차단하여 공존 변이체 검출을 개선할 수 있습니다.