닭은 인간에게 중요한 단백질 공급원이며 조류 연구의 인기 있는 모델 동물입니다. 대규모 개체군을 대상으로 한 신뢰할 수 있는 유전자형 전략으로서 보간법이 등장했지만, 고품질 닭 참조 패널의 부족은 닭 유전체 연구의 진전을 가로막았습니다. 이를 해결하기 위해, 우리는 100K 글로벌 닭 참조 패널(100K GCRP)의 첫 번째 단계를 소개합니다. 현재 두 개의 패널이 사용 가능합니다: 가축화 다양성 연구를 위한 종합 혼합 패널(CMP)과 특히 육계 번식을 위한 상업적 품종 패널(CBP)입니다. 유전자형 보간 품질의 평가 결과, CMP는 Animal-SNPAtlas 및 Animal Genotype Imputation Database(AGIDB)를 사용한 기존 닭 패널과 비교하여 가장 높은 보간 정확성을 보여주었고, CBP는 상업적 개체군의 보간에서 안정적인 성능을 보였습니다. 또한, GCRP 보간 데이터를 사용한 전 유전체 연관 연구에서, 시뮬레이션된 또는 실제 표현형을 가지고 있더라도 더 큰 통계적 파워를 보임을 발견했습니다. 결론적으로, 우리의 연구는 GCRP가 닭을 위한 고품질 참조 패널의 공백을 효과적으로 메우며, 미래의 유전 및 번식 연구를 위한 효과적인 보간 플랫폼을 제공함을 나타냅니다. 이 프로젝트는 11,951개의 샘플을 포함하고 있으며, http://farmrefpanel.com/GCRP/#/에서 다양한 응용 프로그램에 대한 서비스를 제공합니다.
Key Points
- 닭 유전체 연구의 발전을 저해하는 고품질 참조 패널의 부족을 해결하기 위해 100K 글로벌 닭 참조 패널이 도입되었습니다.
- 종합 혼합 패널(CMP)과 상업적 품종 패널(CBP)의 두 가지 보간 패널을 제공합니다.
- CMP는 가장 높은 보간 정확성을 제공하고, 상업적 개체군에서는 CBP가 안정적인 성능을 보였습니다.