이종 발효 침대(EFB)는 동물 폐기물을 재활용하기 위해 사용되지만, 항생제 내성 유전자(ARGs)와 소독제 또는 중금속 내성 유전자(B/MRGs), 병원균의 운명과 동적 변화는 여전히 명확하지 않습니다. 우리는 24개의 농장에서 돼지 분변의 내성체와 박테리오믹스를 연구하기 위해 129개의 샘플을 메타유전체 서열화했습니다. 이 중 5개의 농장에서는 EFB를 사용하였고, 한 농장의 EFB는 154일 동안 모니터링되었습니다. 결과에 따르면 청두, 메이산, 충칭 등 여러 도시의 돼지 분변에서는 311개의 ARG 하위 유형 중 284개가 공유되었으며, 이 중 70% 이상이 고위험 ARG로 판명되고, 114종의 병원균 중 106종이 확인되었습니다. 돼지 농장은 위험한 ARGs, B/MRGs 및 병원균의 공존으로 심각하게 오염되었으며, 특히 대장균과 돼지연쇄상구균이 다중 약제 내성 ARG의 숙주였습니다. EFB의 적용은 이러한 위험을 분명히 경감시켰으며, 고위험 ARG가 3.09배 감소하고, B/MRGs가 72.22% 감소하고, 우선 병원균은 3.95배 감소하였으며, 돼지 병원체의 상대적 풍부성은 89.09% 감소하였고, 그들의 상호 연관 네트워크와 공존 패턴은 단순화되었습니다. Mantel 분석에 따르면 금속 함량(Fe, Mn, Cu)과 시간이 병원균과 ARG 프로파일에 영향을 미쳤습니다. 병원균, ARGs 및 위험 ARGs는 주기적인 변화를 나타냈으며, 14일, 84일, 154일에 정점을 이루었으며 70일 간격이 있었습니다. 이 연구는 돼지 분변 및 EFB와 관련된 위험에 대한 포괄적인 평가를 제공하며, EFB가 B/MRGs 및 병원균과의 연관성을 억제하여 ARG 위험을 감소시킨다는 것을 증명합니다. 이러한 연구 결과는 항균제 내성 및 병원성 오염물 관리의 개선을 안내하고, EFB의 적용을 통해 환경오염을 줄이는 데 기여할 수 있습니다.