소와 돼지는 인류 발전과 질병 연구를 위한 중요한 농장 동물이며 생의학 모델입니다. 그들의 시스-조절 요소를 정확히 주석화하는 것은 번식 전략과 생물학 연구를 발전시키는 데 필수적입니다. 이러한 요소들의 식별은 일반적으로 히스톤 수정과 전사 인자를 분석하는 ChIP-seq 데이터를 기반으로 합니다. 몇몇 대규모 ChIP-seq 프로젝트가 소와 돼지의 기능적 게놈을 해독했지만 포괄적인 블랙리스트 식별은 수행되지 않았습니다. 본 연구에서는 ENCODE 파이프라인을 사용하여 소와 돼지 게놈에서 블랙리스트 지역을 체계적으로 식별하고 평가했습니다. 소에서는 126.8 Mb, 돼지에서는 99.9 Mb의 블랙리스트 지역을 주석화했습니다. 이러한 블랙리스트 지역을 제거하는 것이 ChIP-seq 분석의 신뢰성을 향상시킬 수 있는 중요한 품질 관리 수단임을 발견했습니다. 전반적으로 우리의 결과는 농장 동물 연구에 가치 있는 자원을 제공하며, 비정상적으로 높은 신호를 줄이고 후속 분석을 개선하기 위해 이러한 문제 지역을 제거할 것을 제안합니다.