임상 이종이식은 말기 장기 부전 환자들에게 필요한 인간 장기의 부족 문제를 해결할 수 있는 잠재력을 가지고 있다. 유전자 공학의 발전, 면역억제 요법, 감염질환 진단 기술의 발전은 임상 이종이식의 전망을 개선시켰다. 임상 이종이식에서의 감염 위험 관리는 생물안전성 있는 사육과 출처 동물 및 수혜자에 대한 미생물 감시를 위한 검증된 방법을 요구한다. 새로운 감염 통제 프로토콜은 생물안전 요구 사항을 보완할 수 있다. 이종이식의 감염 위험에는 면역억제 장기 수혜자에게 흔한 인간 병원체와 임상 증상이 덜 정의되어 있고 미생물 검사와 치료가 더 제한적인 돼지 유래 유기체 또는 이종 인수공통감염병이 포함된다. 몇몇 돼지 특이적 유기체는 인간 세포를 감염시키지 않지만, 이종이식 조직 내에서 활성화될 때는 전신적으로 나타날 수 있다. 돼지 내인성 레트로바이러스(PERV)에 의한 인간 위험은 불확실하다. PERV의 인간 전파 사례는 문서화되지 않았으며, 유전자 적으로 비활성화된 PERV 로키가 있는 돼지가 존재한다. 메타유전체 시퀀싱은 미지의 병원체를 감지하는 데 있어 전통적인 진단 도구를 보완할 것이다. 이러한 데이터는 기증자 및 수혜자에 대한 미생물 감시, 감염 통제 및 항균 요법 프로토콜을 개발하기 위한 필요 조건으로, 임상 이종이식의 안전성을 강화할 것이다.