아프리카돼지열병은 멧돼지와 사육돼지 모두에 발생하는 국가 간 전염병으로, 아프리카돼지열병바이러스(ASFV)가 원인 병원체이며, 항체가 없는 개체에서는 치사율이 100%에 이르는 치명적인 질병입니다. 지속적인 확산은 세계 식량안보와 경제적 안정성에 큰 위협이 되고 있습니다. 나이지리아에서는 1997년 이후 이 질병의 빈번한 발생이 보고되었으며, 나이지리아 ASFV는 유전학적 분석을 통해 복원력이 높은 I형 및 II형 유전자형이 존재함이 확인되었습니다. 본 질병은 해당 국가의 주요 양돈 생산 지역에 심각한 영향을 미쳐 막대한 경제적 피해를 야기하고 있습니다. 바이러스 통제를 개선하기 위해서는 바이러스의 유전적 다양성에 대한 심층적인 이해가 필수적입니다. 본 연구에서는 2020년부터 2024년까지 발생한 여러 건의 나이지리아 내 ASFV 발병 사례로부터 하이브리드 시퀀싱 플랫폼을 활용해 네 개, Oxford Nanopore 기술을 통해 한 개, 총 다섯 개의 완전한 ASFV 유전체 어셈블리를 보고합니다. 계통발생학적 분석 결과, 해당 발병 바이러스들은 I형과 II형 유전자형에 속하며, 베냉 97/1 및 Nigeria-RV502와 99.90% 이상의 유전체 유사성을 보였습니다. 진화 분석을 통해 CAM1994와 모리셔스 MAU/01/2007이 나이지리아 내 유행 중 바이러스 계통의 최근 공통조상과 가장 유사함이 확인되었습니다. 본 연구는 나이지리아에서 I형과 II형 유전자형이 동시에 존재함을 처음으로 보고하며, 나이지리아 및 서아프리카 지역에서 순환 중인 두 유전자형의 진화적 양상을 제시합니다. 이는 전파 동태 감시를 가능하게 하여, 향후 감시 및 질병 통제 강화를 지원할 것으로 기대됩니다.