항생제 사용 제한으로 인해 장내 미생물군이 숙주의 건강 특히 장내 감염과 어떤 관련이 있는지에 대한 관심이 높아지고 있습니다. 본 현장 연구는 내재적으로 돈적리(SD)가 유행하는 두 개의 농장에서 실시되었으며, 질병이 발현한 돼지 13두와 건강한 13두로부터 총 102개의 분변 샘플을 대상으로 샷건 메타게놈 시퀀싱을 통해 분변 미생물군을 분석하였습니다. 네 차례의 시료 채취를 통해 임상 질병 전·중·후의 상태를 모니터링함으로써 장내 미생물군이 질병 결과에 미치는 역할을 조사하고, 감염이 미생물 조성에 미치는 영향 및 회복 후 미생물군의 변화 양상을 평가하였습니다. 질병 발병 전 채취한 시료에서는 임상 증상이 발현한 개체가 건강한 개체에 비해 미생물 다양성이 낮았으며, Treponema rectale, Prevotella spp., Ruminiclostridium E의 분포가 유의하게 낮았습니다. 임상적 질병 기간에는 미생물 종 조성 및 기능적 프로필에 뚜렷한 변화가 관찰되었으며, Brachyspira hyodysenteriae, Dysosmobacter sp. BX15, Acetivibrio ethanolgignens, Mucispirillum sp. 910586745의 상대적 풍부도가 유의하게 증가하였고, 이는 Bacteroides 캡슐다당체 전사 종결 방지 단백질 또는 pterin carbinolamine dehydratase와 같은 기능의 증가와 연관이 있었습니다. 질병 회복 후에는 임상 질병 전에 비해 미생물군 구조에 변화가 관찰되지 않아, 치료와 회복 이후 미생물군 구성이 정상으로 회복된 경향을 보였습니다. 본 연구는 장내 미생물군이 돈적리 질병의 결과에 상당한 역할을 할 수 있음을 보여주었으며, 임상 질병 발현 시 발생한 미생물군의 변화가 치료 후 장기적으로는 지속되지 않는다는 점을 입증하였습니다.