호흡기 감염은 돼지의 건강과 경제적 생산성에 가장 중대한 영향을 미치는 질병 중 하나입니다. 그럼에도 불구하고, 하부 호흡기계(LRT) 미생물 군집에 대한 상세한 이해는 아직 부족한 실정이며, 이는 주로 호흡기 샘플의 처리에 따르는 어려움 때문입니다. 본 연구에서는 3~5개월령 비육돈 중 호흡기 증상을 보이는 동물의 바이라 바이러스 및 세균 성분을 대상으로 하부 호흡기계 미생물 군집을 분석하였습니다. 바이러스는 사전에 검증된 메타게놈 진단법을, 세균은 전장 16S rRNA 유전자 시퀀싱 방식을 각각 사용하였습니다. 기능 분석은 메타게놈 샷건 시퀀싱으로 수행하였으며, 특정 병원성 인자(VF)가 존재함을 확인하였습니다. 대표적인 바이러스로는 돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스(PRRSV, 30% 검출)와 돼지 인플루엔자 A 바이러스(swIAV, 23% 검출)가 가장 높게 나타났습니다. Mesomycoplasma hyopneumoniae, Glaesserella parasuis, Pasteurella multocida가 두 가지 시퀀싱 분석법 모두에서 가장 풍부한 세균으로 관찰되었으며, 그 외 Streptococcus, Clostridium, Rothia 종이 일부 검출되었습니다. 검출된 병원성 인자는 주로 Mesomycoplasma와 Pasteurella에 속했으며, Mesomycoplasma에서는 p102, p97, p146, mhp108, mhp107 같은 부착 인자와 용혈소 유전자(hlyA)가, Pasteurella에서는 부착소 유전자(ptfA)와 내독소 관련 유전자(lpxC)가 확인되었습니다. 본 자료는 호흡기 증상을 보이는 돼지의 하부 호흡기계 미생물 군집이 주요 바이러스(PRRSV, swIAV)와 세균(M. hyopneumoniae, G. parasuis, P. multocida) 병원체는 물론, 질병에 기여할 수 있는 특정 병원성 인자를 포함함을 보여줍니다. 중요성: 이번 연구를 통해 얻은 결과는 돼지 호흡기계 미생물총의 구성과 바이러스 감염, 기능적 특성 및 전반적인 건강 상태 간의 연관성에 대한 새로운 관점을 제공합니다. 특히 바이오매스가 적은 호흡기 샘플로부터 세균 DNA 추출 및 증폭의 가능성을 입증하였으며, 이에 따라 병원성 인자 확인 및 질병 상태에 미치는 영향에 대한 이해도 심화할 수 있게 되었습니다. 이러한 발견들은 진단의 정확도 향상과 치료 전략 개선을 위한 후속 연구의 기반을 제시하며, 이는 수의학뿐 아니라 인의학 분야에서 호흡기 질환 대응 전략 발전에도 기여할 것입니다.