아프리카돼지열병 바이러스(ASFV)는 전 세계 양돈 산업에 파괴적인 피해를 일으키는 질병입니다. 최근엔 야생형 바이러스와 함께 유전자 결손형 변이체(예: ASFV-ΔI177L)가 공존하고 있어, 신속한 현장형 진단을 통한 개별 바이러스주 식별이 시급해졌습니다. 이는 신속한 질병 대응과 농장 맞춤 관리 방안 수립에 결정적 역할을 합니다. 본 연구에서는 보존된 ASFV 유전자와 유전자 결손 변이체의 형광 마커(eGFP/mCherry)를 동시에 표적하는 다중 RPA 및 CRISPR/Cas12a 기반의, 추출 과정이 필요 없는 새로운 현장형 원팟 진단법(CORDSv2)을 개발하였습니다. 본 기법은 6 copies/μL의 초고감도 한계(LOD)와 96건의 현장 샘플 분석 시 97.9%의 정확도를 보였습니다. 또한 혈청/타액 샘플을 위한 추출 불필요 프로토콜과 동결건조 반응 구슬의 통합을 통해 보관 안정성과 최소한의 수작업만으로 즉시 사용이 가능하도록 하였습니다. 휴대용 형광측정기(hippoCORDS)와 결합할 경우, 원심분리나 추가 처리 없이 시료를 반응 구슬에 추가하는 단일 단계만으로 채취부터 판별까지 전체 과정이 1시간 이내에 완료됩니다. 본 기술은 현장에 적합한 단순-신속-정확한 ASFV 변이체 모니터링 수단을 제공하며, 타 고위험성 병원체 요인에도 유연하게 적용될 수 있습니다.