양돈 분뇨를 유기비료로 활용하는 것은 지속 가능한 농업 실천에 있어 중요한 방법입니다. 본 연구는 브라질의 5개 주를 대표하는 서로 다른 기후, 토양 형, 식생을 가진 지역의 양돈 농장에서, 두 가지 일반적인 양돈 분뇨 처리 시스템인 밀폐형 라군 바이오다이제스터(CLB)와 폐수 안정화 연못(WSP)이 토양 내 곰팡이 군집 구조에 미치는 영향을 평가하는 것을 목적으로 하였습니다. 토양 및 분뇨 시료를 수집하여, 메타게놈 분석 기법을 통해 곰팡이 군집을 조사하였습니다. 그 결과, 양돈 분뇨를 시비하였을 때 전체 곰팡이 다양성에는 큰 변화가 없었지만, 시비 토양과 미시비 토양 간에는 군집 조성의 명확한 차이, 즉 군집 구조의 이동이 관찰되었습니다. 특히, 폐수 안정화 연못에서 채취한 시료에서만 Sugiyamaella lignohabitans로 분류되는 유전체 시퀀스가 검출되어, 이 환경이 목질섬유(리그노셀룰로오스) 분해와 관련된 곰팡이류의 생장을 촉진할 수 있음을 시사하였습니다. 또한, 곰팡이 속인 Fusarium과 Rhizophagus는 시비에 뚜렷하게 상반된 반응을 보였으며, Fusarium은 시비 토양에서 더 많이 발견된 반면, Rhizophagus의 풍도는 감소하였습니다. 곰팡이 군집의 구성은 지리적 위치 및 토양의 물리·화학적 특성과도 밀접한 상관관계를 보였습니다. 이 결과는, 본 연구에서 양돈 분뇨 처리 시스템 자체는 분뇨 시료 내 곰팡이 다양성에 미치는 영향이 미미한 반면, 토양에 양돈 분뇨를 비료로 사용하는 경우 곰팡이 군집 구조, 특히 분류학적인 측면에서 상당한 변화를 야기함을 시사합니다.