고전적 돼지열병 바이러스(CSFV)는 풍토병 지역에서 심각한 경제적 손실을 유발하며, 여전히 양돈 산업의 주요 위협 요소로 남아 있습니다. 그러나 기존의 분자 역학 감시에 보존적 비구조 유전자 사용이 제한되어 있어, 바이러스 진화에 대한 이해가 부족한 실정입니다. 본 연구는 인도에서 유행 중인 CSFV 주들의 유전적 다양성을 규명하기 위한 계통발생 마커로서 NS5B 유전자의 활용 가능성을 평가하는 데 목적을 두었습니다. 2023년 12월부터 2024년까지 전국 단위 감시 프로그램을 통해 수집된 임상 및 조직 시료 총 870건을 NS5B 특이 RT-PCR로 검사한 결과, 43건(4.95%)에서 CSFV 양성 반응이 확인되었습니다. 현장 유래 NS5B 염기서열 43개와 참고 염기서열 66개를 포함한 계통발생 분석 결과, 1.1형 내부의 독립적인 계통인 PV820729가 확인되었습니다. NS5B, 부분 E2(PX233330), 5’ UTR(PX237204) 영역에 대한 다중 좌위 비교를 통해 기존 보고된 아형과의 유전적 차별성이 검증되었으며, 쌍대 염기서열 유사성은 최근 인도 유래주 대비 97.3%, 구형 대비 84-85%, E2에서는 94.8-95.8%, 5’ UTR에서는 95.7-96.2%로 나타났습니다. 베이지안 분자시계 분석(GTR + G + I/UCLD/GMRF)에 따르면 평균 tMRCA는 1837.9년(95% HPD: 1710.5-1926.9)으로 추정돼, 이전 E2·전장 유전체 연구 결과와 일치했습니다. NS5B 유전체 전체에 걸쳐 SNP 분석을 실시한 결과, 총 133개의 치환이 확인되었으며, C→T 및 A→G 전이가 주를 이루어 보존된 부위 내에서도 지속적인 진화 양상을 시사합니다. 본 연구 결과는 신규 아형 후보(잠정적으로 1.1d)의 존재를 뒷받침하며, 인도 내 CSFV 진화 감시와 방역 전략 수립에 있어 NS5B 기반 계통발생 감시의 중요성을 강조합니다.