Flaviviridae과에 속한 Pestivirus 속의 바이러스들은 돼지열병 바이러스(CSFV)와 소 바이러스성 설사 바이러스(BVDV)와 같이 경제적으로 중요한 가축 질병 원인체를 포함하고 있습니다. 최근 수년간의 집중적인 연구를 통해, 현재까지 최소 11개가 공식적으로 인정되고 8개가 제안된 pestivirus 종이 존재함이 밝혀졌습니다. 이 바이러스는 단일가닥의 양(+)의 감각 RNA 유전체를 가지고 있으며, 이는 하나의 큰 폴리단백질(polyprotein)로 발현되어 바이러스 및 세포 유래 프로테아제에 의해 12개의 성숙 단백질로 처리됩니다. 단백질을 암호화하는 기능 이외에도, 바이러스 RNA 유전체는 다양한 바이러스 생애주기 단계에서 매우 중요한 역할을 하는 2차 구조를 포함하고 있습니다. 내재성 리보솜 결합 부위(IRES) 및 유전체 복제에 필수적인 3' 말단 줄기-고리 구조와 같은 일부 RNA 2차 구조는 특정 pestivirus에서 이미 연구된 바 있습니다. 본 연구에서는 지금까지 알려진 모든 pestivirus 종(공식적 및 잠정적 종 포함)을 아우르는 최초의 전체 유전체 다중 서열 정렬(MSA)을 제공하였습니다. 아울러, 전체 속(屬)에 걸쳐 진화적으로 보존된 RNA 2차 구조에 대한 포괄적 분석도 수행하였습니다. 그 결과, 잘 알려진 5' 말단 줄기-고리 구조, IRES 요소, 그리고 3' 말단 SLI 줄기-고리와 같은 구조가 모든 pestivirus에서 보존되어 있음을 확인하였고, 반면 3' 비번역 영역(UTR)의 RNA 2차 구조 중 일부는 일부 종에서만 보존되는 것으로 나타났습니다. 단백질 암호화 영역 내에서 이전까지 기능이 알려지지 않았던 29개의 진화적으로 보존된 새로운 RNA 2차 구조도 확인하였습니다. 미리 알려진 miR-17 마이크로RNA 결합 부위는 종 A, B, C에서 존재하는 것으로 알려졌으나, 본 연구에서는 추가로 10개 종에서 확인되었으며 K, S, Q, R 종에서는 탐지되지 않았습니다. 또 다른 주요 성과로는, IRES와 유전체 3' 말단 사이의 잠재적인 장거리 RNA 상호작용을 확인한 점이 있습니다. 이와 같이 모든 19종의 pestivirus를 포괄하는 다중 서열 정렬 및 후속 결과들은 향후 연구 및 진단 목적을 위한 소중한 자료가 될 것으로 기대됩니다.