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다기관 전사체 데이터를 활용한 오리 게놈의 장기 비암호화 RNA(lincRNA) 주석 강화

2025-12-21 20:01
장기 비암호화 RNA(lincRNA)는 200뉴클레오티드를 초과하지만 단백질을 암호화하지 않는 RNA 전사체로, 다양한 생물학적 과정에서 중요한 조절 역할을 담당합니다. 오리는 중국에서 경제적으로 중요한 가금류로, 육류와 계란 생산에 큰 기여를 하고 있습니다. 그러나 현재 오리 게놈 내 lncRNA의 주석은 여전히 부족하여, 그들의 분자적 조절 기전 및 생물학적 기능에 대한 포괄적 이해가 제한되고 있습니다. 본 연구에서는 1,350개의 다기관 전사체 데이터를 기반으로 ZJU1.0 오리 기준 게놈에서 총 22,831개의 lncRNA 좌위를 체계적으로 주석하였으며, 이 중 9,455개는 신규 lncRNA, 13,376개는 기존에 주석된 lncRNA였습니다. 구조적 분석 결과 오리 lncRNA는 단백질 암호화 유전자(PCG)와 비교하였을 때 유의하게 더 적은 엑손 수, 더 짧은 전사체 길이, 더 낮은 발현 수준을 특징으로 함을 확인하였습니다. lncRNA와 PCG 간의 공동발현 네트워크를 구축함으로써 lncRNA의 잠재적 조절 기능을 예측하였고, 그들이 근육 세포의 근절(sarcomere), 세포골격 및 focal adhesion 등 주요 생물학적 경로에 관여하고 있음을 밝혔습니다. 추가적으로, 조직 특이적 lncRNA, 항상성(housekeeping) lncRNA, 성별 편향 lncRNA, 그리고 종 간 보존된 lncRNA도 추가로 확인하였습니다. 본 연구는 오리 게놈에 대한 가장 포괄적인 lncRNA 주석 자원을 구축하였으며, lncRNA가 생물학적 과정과 인공선택의 유전적 기전에서 어떠한 역할을 하는지 밝히기 위한 중요한 토대를 제공합니다.