Mycoplasma hyopneumoniae(M. hyopneumoniae)에 의해 야기되는 돼지의 풍토성 폐렴(EP)은 양돈 산업에서 중대한 경제적 손실을 유발하는 만성 호흡기 질병입니다. M. hyopneumoniae 감염은 폐 미생물군의 불균형(pulmonary dysbiosis)을 초래할 수 있으나, 다양한 독성 수준을 가진 여러 균주가 건강한 미생물군 조성에 미치는 영향은 아직 완전히 밝혀지지 않았습니다. 본 연구는 16S rRNA 유전자 기반의 메타탁소노믹 분석과 생물정보학적 기법을 활용하여 실험적으로 M. hyopneumoniae의 두 가지 균주(UFV1, UFV2)에 감염된 돼지에서 폐 미생물군의 변화를 조사하였습니다. 돼지는 대조군(비감염), UFV1 감염군, UFV2 감염군의 세 집단으로 나누고, 기관지폐포세척액을 채취하여 DNA를 추출 및 염기서열 분석하였습니다. 감염된 그룹들은 대조군에 비해 알파 다양성이 유의미하게 낮았으며, 베타 다양성 분석에서도 집단 간 미생물군 조성에 분명한 차이가 나타났고, 대조군과 감염군이 뚜렷하게 분리됨을 확인하였습니다. UFV1과 UFV2 감염군 모두에서 Mycoplasma가 가장 풍부한 속(genus)으로 확인된 반면, 대조군에서는 Stenotrophomonas, Comamonas, Pseudomonas 등 다양한 속 수준의 다양성이 관찰되었습니다. 선형 판별 분석(LDA)는 감염군에서 Mycoplasma의 풍부함이 증가했음을 확인했고, 추가적으로 차등적으로 풍부한 기타 속들도 확인하였습니다. 미생물군 조성을 기반으로 한 예측 모델링에서는 각 그룹을 높은 정확도로 분류할 수 있었으며, Varibaculum, Pseudomonas, Actinobacillus가 주요 예측 지표로 부각되었습니다. UFV1과 UFV2 균주는 서로 구별되는 폐 미생물군 프로파일을 보였으며, 이는 균주별 다른 감염 역학 및 고유 미생물군과의 상호작용을 시사합니다. 본 연구는 다양한 M. hyopneumoniae 균주가 돼지 폐 미생물군에 미치는 영향에 대한 새로운 통찰을 제공하며, EP 예방 및 방제 전략 개발에 시사점을 제시합니다.