돼지생식기호흡기증후군(Porine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)은 PRRS 바이러스(PRRSV)에 의해 유발되며 전 세계 양돈 산업에서 중요한 질병입니다. 본 연구에서는 일본에서 2020년부터 2023년까지 정기 진단 의뢰를 통해 확보된 1,207개의 PRRSV 서열을 표준화된 ORF5(오픈 리딩 프레임 5) 계통 분류 체계에 따라 분석하였습니다. 계통발생학적 분석 결과, 일본에서는 L1, L4, L5, L8, L9, L11 등 6가지 계통이 확인되었습니다. 특히, L1 계통의 검출 빈도는 연구 기간 동안 현저히 증가하였습니다. L1 계통은 주로 간토와 규슈 지역에서 검출되었는데, 간토에서는 L1B 소계통이 우세하게 검출(80%)된 반면, 규슈에서는 L1A, L1B, L1E, L1I 등 보다 다양한 소계통이 관찰되었습니다. 염기서열 상동성 분석 결과, L1 계통 내에서는 높은 유전적 이질성(평균 상동성 90.1%)이 나타났으며, L5와 L8 계통은 각각 97.9%와 98.3%로 상대적으로 매우 균질하였고 상업용 백신주와도 95% 이상의 높은 염기서열 상동성을 보였습니다. 본 연구는 일본에서 글로벌 계통 분류 체계에 기반한 최초의 전국 규모 PRRSV 분자 역학분석 결과를 제시합니다. 일본에서는 L1B의 우점 등, 미국(L1C.5), 중국 및 한국(NADC30/34 유사주)과는 상이한 L1 소계통의 역동성이 양상되어, 효율적인 PRRSV 방제 전략 마련을 위한 중요한 시사점을 제공합니다.