본 연구는 양산 얀잉 닭의 유전적 다양성과 집단 구조를 조사하고, 부화 후부터 12주령까지의 등면 깃털 색 변화의 유전적 기초를 규명하여, 보존 및 육종 전략 수립에 기여하고자 수행되었습니다. 품질 관리를 거쳐 총 11,859,518개의 SNP가 확보되었습니다. 평균 관찰 이형접합도(Ho = 0.280)는 기대 이형접합도(He = 0.312)보다 낮게 나타났습니다. 소수 대립유전자 빈도(MAF)는 주로 0.10~0.20 구간(27.3%)에 위치하였습니다. LD(연관 불균형) 소실 분석에서 최대 R2는 0.27로 나타났습니다. IBS(동일상태 대립유전자 거리) 분석 결과, 개체 간 친연관계는 낮았습니다. 총 1,726개의 ROH(동일계통 구간) 세그먼트가 확인되었으며, 평균 근교계수(FROH)는 0.0125로 낮아, 중간 정도의 유전적 다양성과 이형접합의 약간의 결핍, 그리고 경미한 근교계 또는 과거 선택 압력을 시사합니다. GWAS(전장유전체연관분석) 결과, 11번 염색체의 DEF8, TCF25, TUBB3, DBNDD1, MC1R 유전자가 연한/진한 반점 깃털과 연관되었으며, 1번 염색체의 GRM5, TYR, LOC121107450, CTSC 유전자는 깃털 색의 유무와 관련이 있음을 확인하였습니다. 전반적으로, 양산 얀잉 닭 집단은 효과적으로 보존되고 있음을 보여줍니다. 깃털 색의 변화는 주로 MC1R, TYR 및 기타 관련 조절 유전자와 연관성이 높아, 깃털 색상 유지와 분자표지도입 육종 전략 개발에 유용한 유전적 정보를 제공함을 확인할 수 있습니다.