배경. 소매 식품을 오염시키는 세균 병원균은 식중독을 유발할 수 있습니다. 대장균은 대변 오염의 위험 수준을 평가하기 위해 종종 식품에서 측정됩니다. 그러나 대장균이라는 종은 유전자적으로 다양하여 다양한 유형의 대장균이 다른 것보다 더 큰 건강 위험을 초래할 수 있습니다. 이런 점에서 단순한 세균 수 측정법은 식품에 오염된 대장균의 유형에 대한 통찰력을 제공하려는 한계가 있습니다. 반면, 전유전체 시퀀싱(WGS)은 유전적 다양성과 우려되는 유전자에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다. 현재의 WGS 연구들은 병원성 또는 항생제 내성 대장균의 선택에 초점을 맞추어, 소비자에 대한 다양성과 잠재적 위험에 대한 제한적인 통찰력을 주었습니다. 방법. 대장균의 다양성과 잠재적 위험을 평가하기 위해 영국 노퍽의 소매점에서 식품 샘플을 수집하였습니다. 본 연구에서는 126개의 닭고기, 52개의 잎 채소, 115개의 돼지고기, 75개의 새우 및 33개의 연어 대장균 양성 샘플을 조사했습니다. 샘플당 최대 네 개의 대장균을 분리하여 WGS를 시행했습니다. 대장균 유전체는 in silico 다중-로커스 서열 타이핑을 받고, 단일 뉴클레오타이드 다형성(SNP) 수준에서 서열 유형(ST)을 조사했습니다. 또한, 독성 유전자와 항생제 내성(AMR) 결정요소도 조사했습니다. 결과. 총 401개의 식품 샘플 중 1,067개의 대장균 유전체가 분리, 시퀀싱되어 238개의 알려진 ST와 54개의 미확인 ST로 분류되었습니다. 네 개의 균주를 시퀀싱한 145개의 샘플 중 17개는 네 개의 다른 ST가 있는 것으로 나타나, 샘플 내 다양성이 높음을 시사합니다. 샘플 내 ST 비교는 최대 845개의 짝쌍 비재조합 SNP를 나타냈습니다. 대장균 유전체는 0에서 14개의 AMR 결정요소를 포함하였고, 샘플 내 최대 네 개의 다른 AMR 결정요소 조합이 확인되었습니다. 전체 대장균 양성 샘플의 34.7% (n=139/401 샘플)가 세 개 이상의 AMR 결정요소를 포함하고 있었습니다. 이 데이터세트에서, 26개의 가상의 장외병원성 대장균(ExPEC)이 식별되었습니다. 논의. 다중 이소레이트 WGS 접근법은 개별 식품 샘플 내에서 높은 ST 다양성, 다양한 AMR 프로파일 및 가상의 ExPEC을 식별했으며, 이는 전통적인 수치 측정법으로는 간과될 수 있었습니다. 따라서 다중 이소레이트 수집과 WGS는 소비자를 위한 철저한 미생물위험 특성화를 보장하기 위해 필요합니다.