돼지의 장내 미생물군은 돼지의 건강에 필수적이며 생산 성능의 핵심입니다. 그러나 다양한 영역에 걸친 게놈 수준의 분석은 여전히 제한적입니다. 본 연구에서는 박테리아, 고세균을 포함한 통합 돼지 장관 게놈(UPGG)을 재구성하고, 5784개의 메타게놈 샘플을 이용해 7800만 개 이상의 비중복 단백질 암호화 유전자를 주석화했습니다. 항생제 내성 유전자(ARGs)와 이동성 유전 요소(MGEs)를 확인하고, 기존 집단 내 72,056개의 대사 유전자 군의 분포를 분석했습니다. 우리는 436개의 고품질 미생물 종의 판게놈을 구축했으며, 이를 참조하여 23,350,975개의 단일 뉴클레오타이드 변이(SNVs)를 드러내는 종 내 게놈 변이성을 발견했습니다. 마지막으로, 본 연구에서 수행된 장 미생물군 게놈의 비교 분석을 통해 돼지가 인간의 장내 미생물군 구성 및 기능적 패턴을 조사하기에 다른 동물들보다 더 적합한 모델이 될 수 있음을 관찰했습니다. 요약하면, 우리는 돼지 장내 미생물군의 포괄적인 참조 데이터베이스를 구축하여 숙주-미생물 공동 진화에 대한 이해를 증진시켰습니다.