성장, 지방, 그리고 번식 특성은 상업적 돼지 생산의 효율성과 장기 지속 가능성에 크게 영향을 미치는 주요 경제적 특성입니다. 전장유전체연관분석(GWAS)은 주요 특성과 관련된 유전 변이를 식별하는 효과적인 방법으로 입증되었지만, GWAS에 의해 식별된 유의미한 위치가 반드시 진정한 인과 유전자와 일치하지는 않습니다. 이를 해결하기 위해, 우리는 3개의 집단에서 4,560마리의 돼지를 대상으로 GWAS를 수행하여 여섯 가지 특성: 오른쪽 젖꼭지 수 (RTN), 왼쪽 젖꼭지 수 (LTN), 체장 (BL), 체고 (BH), 체중 (BW), 그리고 등지방 두께 (BFT)를 조사하였습니다. 우리는 세 가지 사후-GWAS 분석: 발현 정량화 특성 위치 매핑, 베이지안 공로케이션 분석, 그리고 맨델 무작위화를 통합하여 후보 인과 유전자를 우선적으로 검토하였습니다. 적어도 두 가지 독립적인 증거를 뒷받침하는 유전자는 높은 신뢰도의 유력 인과 후보로 선정되었습니다. GWAS는 젖꼭지 수에 대한 Sus scrofa 염색체 7 (SSC7)의 새로운 주요 단일 염기 다형성을 하나, BFT에 대한 두 개의 새로운 주요 SNP를 각각 SSC1과 SSC18에서 확인하였습니다. 총 16개와 23개의 잠재적 인과 유전자가 LTN과 RTN에 대해 식별되었습니다. 이 중 네 개의 유전자(ABCD4, ALDH6A1, ENTPD5, 그리고 ISCA2)가 두 특성 모두 네 가지 증거를 뒷받침받았습니다. BL에 대해서는, 열 개 후보 유전자 중 네 개(ABCD4, PTGR2, ENTPD5, FAM161B)가 완전한 지지를 받았습니다. BFT에 대해서는 23개 유전자 중 두 개(EXOSC2, USP20)가 완전한 지지를 받았습니다. BW에 관해서는 여섯 개의 유전자 중 ASS1이 가장 높은 순위를 차지하였으며, 세 가지 증거에 의해 지원받았습니다. BH에 대해서는 PTK6와 STMN3를 포함하여 12개의 유전자가 두 가지 증거로 뒷받침되었습니다. 요약하면, GWAS와 여러 사후-GWAS 분석의 통합은 연관 신호를 정제하고 가상의 인과 유전자를 우선시하는 강력하고 체계적인 전략을 제공합니다. 식별된 새로운 위치와 후보 유전자는 마커보조선택의 유전 자원을 확장하며, 돼지 산업에서 성장 성능과 번식 특성의 유전적 기초에 대한 통찰력을 제공합니다.