호흡기의 미생물 군집은 건강과 질병에 중요한 역할을 하며, 고속 시퀀싱 기술을 통해 정확하게 특성화하는 것이 필수적입니다. 본 연구는 Illumina NextSeq와 Oxford Nanopore Technologies (ONT) 시퀀싱 플랫폼을 사용하여 호흡기 미생물 군집의 16S rRNA 프로파일링을 비교 분석합니다. Illumina 시퀀싱은 높은 정확도와 약 300 bp의 짧은 읽기 길이로 알려져 있어, 속 수준의 미생물 분류에 널리 사용되지만 제한된 읽기 길이로 인해 종 수준의 해상도에는 어려움을 겪습니다. 반면 ONT는 전체 길이의 16S rRNA 읽기 (~ 1,500 bp)를 생성하여 더 높은 분류학적 해상도를 가능케 하지만, 역사적으로 5-15% 정도의 높은 오류율을 보여왔습니다. 알파 및 베타 다양성 분석은 Illumina가 더 큰 종의 풍부도를 포착했으며, 군집 균등성은 두 플랫폼 간 비슷하게 나타났습니다. 베타 다양성의 차이는 돼지 샘플에서 유의미했으나, 인간 샘플에서는 그렇지 않았으며, 이는 시퀀싱 플랫폼의 효과가 복합 미생물 군집에서 더 두드러진다는 것을 시사합니다. 분류학적 프로파일링 결과, Illumina는 더 넓은 범위의 분류군을 감지했으며, ONT는 우점 박테리아 종에 대해 향상된 해상도를 보여주었습니다. ANCOM-BC2 차등 풍부성 분석은 ONT가 특정 분류군(예: Enterococcus, Klebsiella)을 과대 표현하거나 다른 분류군(예: Prevotella, Bacteroides)을 과소 표현하는 등의 플랫폼 특유의 편향을 강조했습니다. 결과적으로 플랫폼 선택은 연구 목적과 일치해야 하며, Illumina는 광범위한 미생물 조사에 이상적이며, ONT는 종 수준 해상도와 실시간 응용에 뛰어납니다. 향후 연구에서는 두 기술의 강점을 활용하는 하이브리드 시퀀싱 접근을 탐색하여 임상 및 전임상 환경에서 미생물 군집 특성화를 향상시켜야 할 것입니다.