돼지생식기호흡기증후군바이러스(PRRSV)는 양돈업계에 상당한 위협을 가하고 있습니다. 현재 상용화된 백신은 충분한 안전성과 효능이 부족하여 효과적인 항PRRSV 치료제의 필요성이 대두되고 있습니다. PRRSV의 3C 유사 프로테아제(3CLpro)는 바이러스 단백질 처리를 위한 핵심적인 역할을 하기 때문에 항바이러스 약물 개발에 유망한 표적으로 여겨집니다. 그러나 PRRSV 3CLpro-기질 복합체의 결정 구조가 해결되지 않아 잠재적 억제제의 스크리닝에 장애가 되고 있습니다. 이 연구에서는 1049,397개의 저분자 화합물 라이브러리에서 PRRSV 3CLpro를 표적으로 하는 항바이러스제를 식별하고자 하였습니다. 가상 스크리닝을 통해 도킹 점수와 단백질-리간드 상호작용을 기반으로 상위 14개의 후보를 선정하였습니다. 이후 분자동역학 시뮬레이션과 Molecular Mechanics-Poisson Boltzmann Surface Area 방법을 통한 결합 자유 에너지 계산을 통해 5개의 잠정적인 선도 화합물을 확인하였습니다. 이들 화합물 중 CL01790761은 PRRSV 3CLpro의 효소 활성 및 바이러스 증식을 가장 의미 있게 억제하는 것으로 나타났습니다. 효소 억제 및 항바이러스 분석을 통해 입증되었습니다. 본 연구는 PRRSV에 대한 새로운 항바이러스 후보 물질을 제시하고 3CLpro 억제제의 인실리코 발견에 대한 중요한 통찰력을 제공합니다.