플루오로퀴놀론과 마크롤라이드에 내성을 가진 Campylobacter spp.는 공중 보건에 심각한 위협을 가합니다. 약제 내성 Campylobacter를 식별하기 위한 위험 요인을 검사하는 연구들은 농장 수준에서의 항균제 사용에 국한된 경향이 있었습니다. 체인 그래프를 사용하여, 우리는 일반적인 돼지 생산 시스템과 항생제 프리(Antibiotic-Free, ABF) 시스템에서 분리된 Campylobacter coli의 플루오로퀴놀론 및 마크롤라이드 내성에 대한 위험 요인을 정량화하였습니다. 체인 그래프는 1082개의 분리체로부터의 유전자형 데이터와 항균제 감수성 데이터를 사용하여 학습되었으며, 14개 돼지 코호트에서 얻은 설문 조사를 통해 호스트 노출을 수집하였습니다. 단독으로 gyrA T86I 점 돌연변이는 ABF에서 시프로플록사신의 최소억제농도(MIC) 변동성의 최소 58%를, 일반 농장에서는 79%를 설명하였습니다. 마크롤라이드의 경우, 유전자형과 호스트 노출은 아지트로마이신과 에리스로마이신 MIC의 유사한 변동성을 설명하였습니다. 호스트 노출 중에서는 중금속 노출이 일반 농장과 ABF 모두에서 위험 요인으로 확인되었습니다. 체인 그래프 모델은 맥락에 특화된 위험 요인을 특성화하고 인과 관계 탐색을 용이하게 함으로써 항균제 내성의 복잡한 역학에 대한 통찰을 제공할 수 있습니다.