인플루엔자 A 바이러스(IAV) 간의 재배열은 진화를 촉진시키며, 종 간 전염 및 팬데믹과 관련되어 있습니다. 우리는 수천 개의 IAV 전체 게놈 데이터 세트에서 최근 및 조상 재배열 사건을 정확하게 식별하는 새로운 도구인 TreeSort를 소개합니다. TreeSort는 선택된 IAV 세그먼트의 계통수를 참고로 사용하여 재배열이 높은 확률로 발생한 계통수의 가지를 찾습니다. 이 도구는 재배열에 관여한 특정 유전자 세그먼트와 이전 유전자 짝과 얼마나 다른지를 보고합니다. TreeSort를 사용하여, 우리는 조류, 돼지, 그리고 인간 숙주에서 분리된 다양한 IAV 아형의 재배열 패턴을 연구했습니다. 조류 IAV는 인간과 돼지 IAV보다 더 많은 재배열을 보였으며, 조류 H7 아형이 가장 빈번한 재배열을 나타냈습니다. 돼지와 인간의 H3 아형에서의 재배열은 각각 돼지와 인간의 H1 아형보다 더 빈번했습니다. 2020년부터 2023년까지의 기간 동안 높은 병원성을 가진 조류 인플루엔자 H5N1 클레이드 2.3.4.4b는 높은 재배열 비율을 보였으나, 표면 단백질을 암호화하는 유전자(HA, NA, MP)는 거의 재배열 없이 서로 함께 진화했습니다. 우리는 인간 H1 및 H3 계통의 표면 단백질 간에 매우 낮은 재배열 비율을 보이며 유사한 공동 진화 패턴을 관찰했는데, 이는 높은 바이러스 적합성의 결과로 강력한 공동 진화와 표면 단백질 간의 선호적인 쌍이 원인일 가능성을 시사합니다. 우리의 알고리즘은 여러 숙주 내 및 숙주 간의 IAV 재배열의 실시간 추적을 가능하게 하며, 팬데믹 위험 평가를 위한 새로운 바이러스를 식별할 수 있습니다. TreeSort는 https://github.com/flu-crew/TreeSort에서 이용 가능합니다.