호흡기 및 소화기 질환은 돼지 산업에 상당한 손실을 초래합니다. 본 연구는 돼지의 호흡기/생식기 및 소화기 질환과 관련된 바이러스와 박테리아의 유병률을 조사하는 것을 목표로 했습니다. 2021년부터 2023년까지 한국의 230개 농장에서 질병이 의심되는 돼지로부터 임상 샘플을 수집하였습니다. 돼지들은 호흡기/생식기 및 소화기 질환과 관련된 병원체 여부를 다중 실시간 중합효소 연쇄반응(multiplex real-time PCR)을 통해 분석받았습니다. 104,128개의 샘플 중 28,281개(27.2%, 95% 신뢰 구간(CI): 26.9%-27.4%)가 병원체에 대해 양성 반응을 보였습니다. 호흡기/생식기 및 소화기 질환과 관련된 병원체의 전체 유병률은 각각 74.7%(n = 21,145, 95% CI: 74.2%-75.2%)와 25.3%(n = 7,136, 95% CI: 24.7%-25.7%)로 나타났습니다. 이러한 병원체 중 돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스(PRRSV, n = 11,997, 56.7%, 95% CI: 56.1%-57.4%)와 로타바이러스(n = 4,430, 62.1%, 95% CI: 60.93%-63.2%)가 가장 흔하게 발견되었습니다. 3년간의 유병률 추세는 유의한 변화를 보이지 않았지만, 2023년에는 바이러스 감염(예: PRRSV, 로타바이러스, 돼지 전염성 설사 바이러스 등)은 감소했으며 박테리아 감염(예: Mycoplasma hyopneumoniae (MH), Pasteurella multocida (PM), Haemophilus parasuis (HP), 살모넬라 속균, Lawsonia intracellularis, Brachyspira hyodysenteriae)은 약간 증가했습니다 (χ2= 11.36, P < 0.001). 계절적 특성을 조사한 결과, 겨울철에 PRRSV 및 HP와 같은 일부 호흡기 병원체의 유병률이 더 높았고, 여름철에는 살모넬라 속균, L. intracellularis 및 B. hyodysenteriae와 같은 소화기 박테리아 병원체의 유병률이 더 높았습니다. 본 연구 결과는 바이러스와 박테리아의 유병률, 병원체 빈도의 패턴, 연간 분포 상태 및 계절적 특성을 포함하여 돼지의 호흡기/생식기 및 소화기 질환에서 병원체의 추세를 이해하는데 유용합니다.