돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스(PRRSV)는 여전히 돼지 생산에서 주요 문제로 남아 있습니다. 본 연구는 2018년부터 2024년까지 대만에서 계통 1과 계통 3 PRRSV-2의 분자 역학을 조사합니다. 대만 전역 15개 지역에서 총 43,977개의 샘플이 수집되었으며, 실시간 PCR을 통해 13,611개의 샘플이 PRRSV 양성으로 검출되었습니다. 이 중 501개의 완전한 ORF5 시퀀스를 결정하고 분석하였습니다. 확인된 PRRSV-2 시퀀스는 계통 1(특히 Clade A, Clade B, Clade C로 나눌 수 있는 하위계통 L1A 포함; 117/501, 23.4%) 또는 계통 3(384/501, 76.6%)에 속했습니다. 놀랍게도, 117개의 계통 1 PRRSV-2 시퀀스 중 103개(88.0%)는 모돈 관련 샘플에서 검출되었으며, 14개(12.0%)는 자돈에서 검출되었습니다. 계통지리학적 데이터는 중부 및 남부 대만 간의 다중 쌍방향 전파가 있었다는 것을 보여주며, 이후 북부 및 동부 지역으로 확산되었습니다. 이는 계통 1 PRRSV-2가 모돈의 높은 사망률과 유산율을 초래하였으며 대만 전역으로 확산되었음을 의미합니다. 본 연구는 2018년부터 2024년까지 대만에서 외국 계통 1 PRRSV-2 균주의 현재 유행 상태와 확산에 대한 첫 번째 설명을 제공합니다.