전염성 위장염 바이러스(TGEV) 감염은 특히 소장, 특히 공장과 회장을 목표로 자돈에게 설사를 유발합니다. 그러나 TGEV 감염 동안 장내 미생물군과 대사체의 동적 변화는 명확하지 않습니다. 본 연구는 초기 TGEV 감염 동안 이유된 자돈에서 장 손상과의 관계를 조사했습니다. 4주령의 자돈 30마리를 TGEV 감염군과 대조군으로 무작위 배정하였습니다. 접종 후 3일, 5일, 7일째에 장 조직 및 대변 샘플을 수집하였습니다. 미생물군 조성과 비표적 대사체 분석을 위해 전장 16S rRNA 시퀀싱과 초고성능 액체 크로마토그래피-탠덤 질량 분광법(UHPLC‒MS/MS)을 사용하였습니다. TGEV 감염은 융모 길이 대 장크립 깊이 비율(VH:CD)이 감소(P < 0.01)하고 미생물 다양성(P = 0.0091, 공장) 및 조성이 유의미하게 변화(P = 0.001)하였습니다. 주목할 만하게도 감염된 자돈은 Lactobacillus 및 Limosilactobacillus 종의 풍부성이 증가하였습니다. VH:CD 비율은 공장과 회장 모두에서 전체 분류학적 조성과 상관관계(r = 0.4, P < 0.001)를 보였고, 공장에서의 호기성 화학독립영양과 키틴 분해와 같은 미생물 기능과 양의 상관관계를 보였습니다. 분변 대사체 분석에서는 각각 1,815와 892개의 차별적으로 표현된 대사체가 공장과 회장에서 발견되었으며, 여기에 아미노산, 지방산, 에너지 대사의 중간대사물들이 포함되었습니다. 통합 분석 결과, Lactobacillus amylovorus DSM20531이 리놀레산, L-티로신, 구연산과 양의 상관관계를 가지는 반면, Lactococcus lactis는 이소구연산 및 글루타민과 음의 상관관계를 보였습니다. 본 연구는 TGEV의 병인 기전에 대한 이해를 증진시키며 향후 진단 및 예방 전략을 위한 잠재적인 미생물 및 대사 바이오마커를 제공합니다.