돼지 보카바이러스(PBoV) 그룹 3(G3)의 특이적 검출을 위해 NS1 유전자를 표적으로 하는 TaqMan 프로브 기반 실시간 중합효소연쇄반응(PCR)을 개발하였습니다. 해당 PCR의 상관 계수와 증폭 효율은 각각 0.994와 102.9%로 나타났습니다. PCR은 돼지열병 바이러스, 돼지생식기호흡기증후군(PRRS) 바이러스, 돼지 파보바이러스, 돼지유행성설사바이러스(PEDV), 전염성위장염바이러스(TGEV), 돼지델타코로나바이러스(PDCoV) 유전체와 교차 반응을 보이지 않았으며, 최소 검출 한계는 반응당 100 copies였습니다. PCR의 시험 간 변이계수(inter-assay CV)는 1.38-2.71%, 시험 내 변이계수(intra-assay CV)는 0.23-0.67%로 우수한 반복성을 보였습니다. 신장, 간쑤, 칭하이, 닝샤, 산시 등 5개 성에서 수집된 719개의 현장 시료를 본 PCR로 검사한 결과, 양성률은 각각 80.82%, 44.51%, 97.50%, 98.94%, 93.60%로 나타났습니다. 또한, PBoV G3와 PEDV/TGEV/PDCoV/PCV2의 동시 감염 사례가 확인되었으며, 이중 감염, 삼중 감염, 사중 감염, 오중 감염 사례도 관찰되었습니다. 추가로, 5개 성에서 무작위로 선정한 10개의 양성 시료(각 성별 2개)의 완전 유전체 서열을 분석한 결과 모두 PBoV G3 내에 속하였으나, 한 개의 주는 뚜렷한 분지(branch)를 형성해 PBoV G3 내의 신규 주임이 확인되었습니다. 본 연구에서 개발된 PCR은 PBoV G3 검출의 신뢰할 수 있는 도구로서, 그 분포와 유행 양상 이해에 크게 기여할 것으로 기대됩니다.