간염 E 바이러스(HEV) 유전자형 A3와 A4는 주로 돼지와 관련이 있으며, 인수공통감염 사례에서도 보고되고 있습니다. 공통의 돼지 숙주 내에서 이들 유전자형 간 코돈 사용 차이는 아직 충분히 규명되지 않았습니다. 본 연구는 돼지 연관 HEV-A3(62건)와 HEV-A4(52건)의 완전 코딩 서열 114건을 분석하였습니다. 분석 항목으로는 염기 조성, 상대적 동의어 코돈 사용(RSCU), 코돈 유효 수(ENC), 중립성, PR2(Parity Rule 2), 이뉴클레오타이드 상대 풍부도, 코돈 적응지수(CAI), 주성분 분석(PCA), PERMANOVA, 그리고 부위 특이적 선택 분석을 전체 코딩 영역과 각각 ORF1, ORF2, ORF3에 대해 수행하였습니다. 두 유전자형 모두 GC가 풍부하였으며, GC3 값은 HEV-A3가 57.66%, HEV-A4가 59.89%로 나타났고, ORF3에서 ORF1·ORF2보다 GC3가 더 높게 나타났습니다. RSCU 분석에서는 공통 및 유전자형 특이적 동의어 코돈 선호 경향이 확인되었습니다. 평균 ENC 값은 양 유전자형에서 중간 정도의 코돈 사용 편향을 나타냈으며, HEV-A4에서 전체 코딩 영역 기준 값이 약간 더 낮게 확인되었습니다. 중립성 및 PR2 분석 결과, 각 유전자형에서 중립성은 약하며, 동의어의 세 번째 염기 자리에서 염기 비대칭성을 보였습니다. CpG는 두 유전자형 모두에서 상대적으로 고갈된 양상을 보였습니다. CAI는 전체 코딩 영역에서 HEV-A3와 HEV-A4 간의 차이를 보였으며, ORF 수준에서 분석했을 때 ORF1과 ORF3은 유의미한 차이가 있었으나 ORF2는 그렇지 않았습니다. 선택압 분석에서는 정화 선택이 우세했지만, 각 ORF별로 국소적이고 지속적 또는 단발적으로 다양화된 신호가 관찰되었습니다. PCA 및 PERMANOVA 분석 결과, HEV-A3와 HEV-A4의 코돈 사용 구성은 유의미하게 상이한 것으로 나타났습니다(R² = 0.24, p = 0.001). 전반적으로, 코돈 사용의 변이는 유전자형 특이적이고 ORF에 의존적으로 나타났으며, 이는 염기 조성, 숙주 연관 코돈 적합성 및 다양한 진화적 제약 요인이 복합적으로 작용한 결과임을 시사합니다.