과일 및 채소와 같은 식품의 분변 오염은 여전히 주요 공중보건 우려 사항 중 하나입니다. 미국 질병통제예방센터(CDC)는 매년 4,800만 명이 식품 매개 질병으로 인해 질병을 앓고 있다고 추산합니다. 농산물의 품질은 분변 유래 병원체나 그 성장, 수확, 유통에 영향을 미칠 수 있는 환경적 요인에 의해 영향을 받습니다. 따라서 신속하고 신뢰성 높은 검출 방법은 오염원을 신속하게 식별하고 식품 안전 모니터링을 개선하는 데 필수적입니다. 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 방법은 식품 시료 내에서 분변 연관 미생물 지표인 박테로이데스 또는 기타 숙주 연관 표적을 민감하고 특이적으로 검출할 수 있는 접근법을 제공합니다. 본 연구의 목적은 농산물(딸기) 표면의 분변(박테로이데스) 오염을 디지털 PCR을 이용하여 검출하는 방법을 개발하고, 이 결과를 표준 실시간 PCR 기반 방법과 비교하는 것이었습니다. 소, 설치류, 가금류 및 기타 동물에서 분변 시료를 수집한 후, 이들로부터 박테로이데스 DNA를 분리 및 분석하였으며, 본 방식을 통해 시료 내 박테리아의 펨토그램 수준까지 검출이 가능함을 확인하였습니다. 분변 오염의 기원을 파악하기 위해, 여러 척추동물 종을 대상으로 단일 또는 다중 PCR에서 사용할 수 있는 mtDNA 프라이머 및 프로브가 개발되었습니다. 이러한 분석법은 검체 1µL 당 10 copy 수준의 mtDNA 농도까지 검출할 수 있도록 개발, 최적화 및 검증되어, 농산물 분변 오염의 기원 또는 출처를 규명하는 데 유용한 방법임을 확인했습니다.