돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스 2형(PRRSV-2)은 전 세계적으로 막대한 경제적 손실을 초래하는 주요 돼지 질병입니다. 결함 바이럴 게놈(DVGs)은 다수의 RNA 바이러스에서 바이러스 증식, 지속성 및 진화의 중요한 조절 인자로 알려져 있습니다. 하지만 PRRSV-2 감염 과정에서 생성되는 DVG의 특성과 기능에 대해서는 아직까지 밝혀진 바가 거의 없습니다. 본 연구에서는 공개된 고처리량 시퀀싱 데이터셋을 체계적으로 분석하여 PRRSV-2의 in vitro 및 in vivo 감염에서 생성된 DVG를 규명하였습니다. 연구 결과, PRRSV-2는 특히 돼지 폐포 대식세포(PAMs)에서 큰 결실 형태의 DVG를 선호적으로 생성하며, DVG 형성에는 마이크로호몰로지 서열, RNA 2차 구조 및 AU-풍부 서열이 연관되어 있음을 확인했습니다. 결손(단절) 위치는 GP5/M 유전체 영역에서 많이 관찰되었고, 재접합(연결) 위치는 주로 nsp1/nsp2 유전체 영역에 집중되는 양상을 나타냈습니다. 특히, 같은 유전자 내에서 발생한 결실 이벤트는 nsp2 영역에서 현저하게 많이 관찰되었으며, 이 부위는 여러 자연적으로 발생하는 nsp2 결실 지점이 DVG 접합 부위와 중첩되었습니다. 이러한 결과는 DVG 관련 재조합이 PRRSV-2 nsp2 결실 변이체 형성에 기여할 수 있음을 시사합니다. 기능적으로, PRRSV-2 유래 DVG는 유행하는 여러 PRRSV-2 계통 바이러스 및 PRRSV-1에 대해 강력한 광범위 항바이러스 활성을 보였습니다. 본 연구 결과는 PRRSV-2 DVG에 대한 최초의 체계적 특성 분석을 제공하며, DVG와 nsp2 결실 변이체 사이의 잠재적인 진화적 연관성을 밝히는 한편, PRRSV-2 DVG의 항바이러스 가능성을 부각시킵니다.