마이코플라즈마 하요폐우모니에(M. hyopneumoniae)는 돼지기침성 폐렴의 원인체로, 양돈 산업에서 가장 널리 퍼져 있고 경제적으로 중요한 호흡기 병원체 중 하나입니다. 백신 접종은 M. hyopneumoniae 감염을 통제하는 데 있어 핵심 전략으로 간주됩니다. 생독(약독화) 백신은 초기 폐정착 경쟁적 배제를 통해 야생형 M. hyopneumoniae로부터 보호 효과를 제공하며, 체액성 면역, 점막 면역, 세포성 면역 등 다각적인 면역 반응을 유도하여 우수한 방어 효능을 보입니다. 그러나, 생독 백신 접종과 야생형 감염을 구별하는 방법의 부재는 생독 백신의 광범위한 적용을 저해하는 요소였습니다. 본 연구에서는 리보뉴클레아제 H2(RNase H2) 절단 원리에 기반한 정량적 실시간 중합효소 연쇄반응(qPCR) 방법을 개발하였으며, 이 방법은 프로브가 생독 백신주 템플릿에 완전히 상보적일 때만 특정 형광 신호를 발현합니다. 개발된 qPCR 방법은 M. hyopneumoniae 생독 백신주(168-L 및 RM48)에 대해 높은 특이도와 민감도를 보였으며, 최소 검출 한계는 10 copies/µL 수준이었습니다. 이 qPCR 방법을 활용하여 돼지 자돈에서 168-L 백신주의 균 배출 동태를 효과적으로 모니터링한 결과, 접종 3일 후 비강에서 최초 검출되었고, 접종 후 10~17일 사이에 100%의 최대 검출률을 보였습니다. 이 분석법을 통해 M. hyopneumoniae 생독 백신 접종 후 백신주의 호흡기 점령 및 균 배출을 특이적으로 모니터링할 수 있게 되어, 면역 효능의 임상적 평가를 위한 핵심 기술적 지원을 제공할 수 있습니다.