Bordetella bronchiseptica는 오랫동안 수의학적 병원체로 간주되어 왔으나, 최근 면역 저하자를 중심으로 인간에게 인수공통 위협으로 부상하고 있습니다. 본 연구는 돼지 개체군과 이를 돌보는 인간 관리인 사이에서 동시 발생한 B. bronchiseptica 집단발생 사례를 보고하며, 종 간 전파 및 유전체 수준의 적응 기전을 고찰할 수 있는 독특한 기회를 제공합니다. 비교유전체 분석 결과, 인간 유래 균주(RL57)와 그 돼지 조상주(XX35)는 동일한 염색체를 공유하지만 XX35는 추가적인 접합성 플라스미드를 보유하고 있었습니다. 주목할 점은 RL57이 이 플라스미드를 단순히 소실한 것이 아니라, 플라스미드 전체가 부위 특이적 재조합을 통해 염색체 내로 통합되었다는 점입니다. 이러한 통합은 플라스미드가 암호화하던 독력 및 적응 유전자를 영구 보존할 수 있게 하였으며, 이후 플라스미드는 복제 부담을 줄이기 위해 제거된 것으로 확인됩니다. 이는 '포획-폐기(capture-and-discard)'라는 새로운 진화적 기전을 시사합니다. 플라스미드 상실 이후 RL57 균주는 초독성, 빠른 성장, 향상된 내열성, 증가된 바이오필름 형성 등 다양한 특성을 보이며 인간 숙주에 성공적으로 적응한 것으로 나타났습니다. 특히 플라스미드 상실은 역설적으로 세균 대사를 재배선하였으며, 황 동화 및 술폰산 이용 경로가 상향 조절되어 숙주 적응에 기여했습니다. 특정 대사 모듈의 전사 수준이 저하되었음에도 불구하고, 번역 단계에서의 보상 작용으로 단백질 수준이 크게 유지되면서 견고한 바이오필름 형성과 내열성을 구현하였습니다. 이 연구는 플라스미드 통합 후 이어지는 플라스미드 상실이 병원성 및 숙주 적응성을 증폭시키는 미지의 진화 전략임을 규명하였습니다. 마지막으로, 우리는 이러한 인수공통 감염 사건을 조기 포착하고 완화하기 위해 플라스미드-염색체 동적 변화의 메타유전체 모니터링, 재조합 핫스팟 검사, 대사 변화 모니터링으로 구성된 One Health 기반 감시 삼각체를 제안합니다.