돼지유행성설사바이러스(PEDV)는 신생자돈에서 높은 폐사를 유발하는 장관성 코로나바이러스로, 세계 양돈산업에 지속적으로 위협이 되고 있습니다. 최근 출현한 변이주, 특히 PEDV 스파이크(S) 단백질에서의 빈번한 돌연변이는 상용 백신의 효능을 현저히 저해하고 있습니다. 최근의 유행에서 G2c 변이주가 우점하고 있음에도 불구하고, 바이러스 분리, 계통유전학, 구조 모델링, 교차중화항체 반응, 병원성 평가를 통합한 연구는 아직 충분하지 않은 상황입니다. 본 연구에서는 G2c 계열의 분리주(AHCZ02)를 성공적으로 확보하였으며, 2021년부터 2024년까지 9개 성에서 69건의 S 유전자 서열을 얻었습니다. 계통유전학 분석 결과, 최근 발병 사례에서 G2c 변이주가 69.57%(48/69)로 우위를 점하고 있음을 확인했습니다. 구조적 비교에서는 G2a/G2b주와 달리 S 단백질의 주요 도메인에서 G2c 특이적 치환(N139D, I287M, F345L, L998M)이 존재하며, 이는 면역 인식에 영향을 줄 수 있는 구조적 변화를 유발함을 확인하였습니다. AHCZ02주를 이용한 혈청 중화항체(nAb) 시험 결과, G2c 기반 피드백 노출 전략이 S-INDEL 기반 전략에 비해 기하평균역가(GMT)가 3.9배 더 높게 나타났습니다. G2c 피드백 노출 전략(GMT = 480-1893)은 기존 백신(GMT = 10-40) 대비 12~189.3배의 더 높은 중화능을 보였습니다. 신생자돈에서의 병원성 평가 결과 AHCZ02 접종 66시간 이내에 100% 폐사가 관찰되었으며, 심한 수양성 설사, 급격한 체중 감소, 그리고 중증 회장 융모 위축 등 전형적 임상 증상이 병발했습니다. 종합적으로, 이번 연구 결과는 G2c 변이주가 기존 백신 효능 저하와 연관된 S 단백질 변이가 축적되고 있음을 보여주며, G2c 특이적 항원 결정체를 반영한 차세대 백신 개발과 PEDV 진화 동향을 효과적으로 모니터링 할 수 있는 강화된 바이러스 감시 시스템의 필요성을 시사합니다.